Ставим софт:
cuetools, для работы с .cue

# cd /usr/ports/audio/cuetools
# make install clean

В настройках обязательно выбираем EXAMPLES.
Это нужно для того, чтобы установился файл cuetag.sh. Файл после установки будет находиться в /usr/local/share/examples/cuetools. Файл находится вне PATH, поэтому или добавьте в PATH сами или скопируйте файл в директорию, где будете конвертить.

[ ] DOCS      Build and/or install documentation
[x] EXAMPLES  Build and/or install examples

shntool - для разрезания .ape (можно также резать и .flac)

# cd /usr/ports/audio/shntool
# make install clean

Строка для конвертации. На выходе получаем несколько FLAC с именами split-trackXX.flac

$ cuebreakpoints FILE.cue | shnsplit -o flac FILE.ape

Добавляем метаинформацию (исполнитель, альбом) из .cue в .flac

$ ./cuetag.sh FILE.cue split-track*.flac